La ciudad de Valdivia queda registrada un 22 de septiembre de 1544, cuando la expedición de Jerónimo Alderete, Juan Bautista Pastene y Rodrigo Quiroga, navegan hasta el estuario del río donde vive el pueblo de los Ainil, tomando posesión sin desembarcar, frente a la isla de Guiguacabin (Mancera) a la boca del río Collecu (Tornagaleones), tierras donde tenía su casa y guaca, o adoratorio, el gran señor Leochongo, según relatará el escribano de Pedro de Valdivia, Juan Cárdenas.

Sólo ocho años después, el conquistador se acerca desde el norte por amplios caminos y cultivos. El 5 de enero de 1552, víspera de Epifanía o Día de Reyes, desde el campo establecido en el valle de Mariquina, una expedición parte a reconocer la costa, atestiguando grandes llanos, muy poblados, con abundantes campos de cultivo de maíz, porotos, papas, quinua, entre otros cereales y legumbres.

Avanzan hasta la orilla del río Guadalauquen, "el cual es poderosísimo", indica Pedro Mariño de Lobera. Los habitantes de la otra banda traen regalos, en particular, muchos "carneros de la tierra" o llamas. Pasaron las tropas españolas con sus caballos a la parte sur, donde, un poblado se erguía sobre una loma "…viéronla toda tan adornada de arboleda sembrada a mano, que parecía un paraíso, así por la lindeza y orden con que están puestos los árboles, como por el río que va girando en redondo por aquella loma".

En medio, un campo ceremonial de 305 metros de longitud para el palin, juego ritual mapuche que dirime conflictos, revela la importancia del poblado precolombino.

Sobre este centro poblacional, un 9 de febrero de 1552, se funda Santa María la Blanca, de la que Pedro Mariño dice que "estaba convidando la amenidad del lugar a no salir de allí hombre en toda la vida".

Mandó el gobernador nuevamente a Jerónimo Alderete para que en una canoa fuese río abajo a encontrar el puerto:

A dos tiros de arcabuz que anduvo, dio en una grande anchura donde se junta otro hermoso río con éste de Guadalauquen, de modo que ambos juntos parecen una mar, y luego tornan a dividirse saliendo un brazo por una parte y otro por otra, haciendo una isla en medio, donde entonces había más de trescientos vecinos que vivían allí apaciblemente. Desde allí corre el uno destos dos ríos hasta la mar por espacio de dos leguas, y el otro va por un rodeo de cuatro leguas, y al fin vienen a juntarse cerca de la mar, donde hacen una gran boca de más de dos tiros de arcabuz. Y es en todo este río tan aventajado, que se puede contar entre los mejores que en el mundo se saben. (Pedro Mariño de Lobera, Crónica del Reino de Chile).

Tenía la comarca al momento de su fundación, dice este testigo de los hechos, más de quinientos mil habitantes en espacio de poco más de 48 kilómetros de extensión.

Alonso Góngora Marmolejo, en su Historia de Chile rememora el hito con estas palabras:

Llegado a aquel valle llamado Guadalauquén, mandó hacer balsas para pasar de la otra banda. Este río no corre furioso, sino manso, por su mucha hondura, y ansí lo pasó sin peligro alguno. En su ribera de la otra parte halló un asiento bueno y muy a propósito para poblar una ciudad, que era la pretensión que Valdivia llevaba. Desde aquel asiento mandó algunos hombres de la mar fuesen con algunas canoas el río abajo hasta la boca de la mar y viesen si tenía puerto para navíos. Desde a cuatro días vinieron con nueva que tenía buen puerto y tan bueno como lo había en el mundo. Luego Valdivia pobló en aquel mismo lugar donde estaba, y púsole nombre la ciudad de Valdivia (Alonso Góngora Marmolejo, Historia de Chile).

Aunque estos soldados no la mencionan, la historia oral de la ciudad recuerda a Racloma, valiente mujer, llamada a veces cacica Recloma o Rocloma, registrada por primera vez en las Décadas de Herrera. Señalada como amante de Pedro de Valdivia, una especie de Malinche chilena, otras veces hija de un cacique o como líder misma, Diego Rosales, en el siglo XVII, da cuenta de una versión donde, cual Cleopatra enfrentando a César, cruza el río y lo conmina a declarar sus intenciones. Convencida de poder evitar una masacre, cruza nuevamente a nado, esta vez logrando una momentánea paz.

Con 469 años, una de las ciudades más antiguas de lo que fuera el Reino de Chile, Valdivia sigue cautivando a visitantes de todo el mundo por sus paisajes, el río que define su identidad, la selva valdiviana, la más densa del planeta, sus artistas e intelectuales, todos los atributos que la definen como la Perla del Sur.