Un acuerdo entre la Contraloría General de la República y la Dirección de Archivos, Bibliotecas y Museos (Dibam) puso bajo la administración de esta última la sala destinada a la interpretación de los hallazgos arqueológicos descubiertos el 2012, cuando fueron removidos restos asociados al gran incendio de 1909, mientras se construía el edificio de la Contraloría Regional de Los Ríos ubicado en Yungay 711, al comienzo o final de la Costanera Arturo Prat, primera Zona Típica declarada de Valdivia.

Algunos trabajadores dieron cuenta del hallazgo de grandes bloques de concreto y ladrillo, mientras comenzaban las faenas de construcción del actual edificio. Estas resultaron ser los cimientos de la antigua Aduana de Valdivia; conjuntamente aparecieron restos pertenecientes a la época de la colonización alemana, vestigios de la época colonial y precolombinos: relojes, platos, cucharas de plata, monedas, cerámica, etc.

La investigación de este hallazgo fue conducida por expertos arquéologos, historiadores y antropólogos vinculados a la Dirección Museológica de la Universidad Austral de Chile, quienes iniciaron el rescate y estudio de los restos, donde había material arqueológico en un continuo temporal que abarcaba desde épocas modernas a prehispánicas. La museografía, llamada "De Todas las Aguas del Mundo" selecciona objetos patrimoniales y desarrolla su explicación en formato de alta tecnología.

El diseño estuvo a cargo de la Facultad de Arquitectura y Artes de la Universidad Austral de Chile, liderado por el arquitecto Roberto Martínez. Comprende una sala en el subsuelo de acceso al edificio de Contraloría, habilitada con moderna tecnología y proyecciones digitales, con atmósfera controlada. La inversión tuvo un costo cercano a los $580 millones, que se sumaron al total de $2 mil 296 millones del edificio.

El convenio fue firmado por Ricardo Mendoza, director del MSCN, en representación del Director Nacional de Bibliotecas, Archivos y Museos, Ángel Cabeza Monteira, y el Contralor General de la República, Jorge Bermúdez el día miercoles 16 de marzo a las 18 hrs. en solemne ceremonia. La Dibam es la institución que por 86 años ha resguardado el patrimonio de Chile; su experticia asegura una visión profesional y técnica en torno a la administración de este nuevo espacio patrimonial, localizado en uno de los lugares históricos más concurridos de la antigua ciudad de Valdivia y que abarca, al menos, 5 siglos de superposición habitacional.